所谓棉花专业仓储制度，是指除特别规定的情形外，新疆自治区内经过资格认定的棉花加工企业须将加工好的成包皮棉按规定时间全部存入指定的新疆棉花专业监管仓库，由纤维检验部门组织在库重量检验、品质样品取样以及后续实验室仪器化公证检验。

棉花专业仓储制度的制定主要是为了：一、可以精确统计新疆棉花产量，为中央财政对新疆棉农按照籽棉交售量进行精准补贴提供可靠依据；二、有效防止区内出现“转圈棉”，避免出现棉农与少数棉花加工企业通过串通弄虚作假的手段以骗取补贴；三、有力维护新疆棉花质量的公信度，逐步恢复棉花公证检验的公信度和权威性，恢复新疆棉花在棉花行业的质量信誉，提高新疆棉花的市场竞争力；四、有利于棉花质量检验体制改革的深化和完善；五、有利于降低棉花流通成本，提高流通效率，过去我国棉花从加工企业到棉纺织企业平均需要移库4－5次，每吨棉花增加的直接物流费用（包括装卸、重复开包检验等）超过400元，实行棉花专业仓储后，实现了“一次检验、全程有效”，减少了重复出入库费用，大大降低了棉花物流成本；六、有利于降低银行棉花信贷资金风险，从而达到鼓励银行积极支持棉花加工企业积极入市收购的目的；七、利于规范的棉花流通秩序的建立。

建立棉花专业仓储制度与十八大会议精神是一致的。按照李克强总理的讲话，应是“放”“管”结合，“放”是简政放权，即政府对事前的准入门槛尽可能放低，放弃不必要的审批，但不是“放任”或“甩手”不管；“管”是对“事中”“事后”进行监管，对于违法违规的行为要进行处置。“专业仓储”制度就是强调事中事后的规范监管，我国建立棉花专业仓储制度与市场化改革的方向也是完全一致的。

在专业仓储制度下新疆棉花入库公检，公检质量有了明显的改善，一些纺织企业近期对目标价格改革给新疆棉花质量带来的变化给予了积极评价。 专业仓储制度的专业化随着市场上下传导的需求正在逐步完善之中，而在市场机制和政策导向下，小编对于未来中国棉农和加工厂各自的专业化道路几何拭目以待。