2016/17年度9月底下旬前开秤的吐鲁番、哈密和喀什、阿克苏等地棉区的轧花厂以收购、加工絮棉为主，80%以上通过公路发运。棉花汽运出疆的优势可以归纳为：一、装运和到厂时间有保证，比较受原料库存低、随用随买棉纺织厂的青睐；二、北疆和东疆汽运至内地监管库、纱厂仓库的费用只比铁路运输稍高50-100元/吨（包括铁路运费、出入库装卸费、物流辅助服务、印花税、保险费等等）；三、公路出疆利于买方采购并节约费用。铁路运输只能移库至买方或销售市场附近仓库，对于新疆棉企而言又要支付出入库装卸、保险、仓储等等费用，而买方提货还需支付短倒费、保险费等，既增加成本又手续繁琐。

2016/17年度新疆棉公路运输或面临一系列困难，铁路运输将成为大部分棉企、纺企的第一选择，因此不排除南疆阿克苏、巴楚、库尔勒等地区仓库站台出现“一个车皮难求”的现象，原因如下：其一、2016年8月19日，交通运输部、工业和信息化部、公安部、质检总局、工商总局五部委联合出台超限、超载认定标准，意味着2016/17年度开始新疆棉汽运出疆的运输费用将大幅上涨。众所周知，目前棉花出疆一辆车装载量大多在155-170包左右，北疆公路运输有一辆车一个批次的情况（186包），但新年度开始，单车的装载量将明显下滑，很可能出现2个批次需要3辆车的情况，公路运输成本或大幅上升。其二、2016年储备棉轮出延期至9月底，用棉企业、中间商的对新棉的有效采购将推至10月下旬甚至11月份，“等米下锅”的纺织厂比较少，而且一些贸易商大多有一定量的储备棉库存，也需要10-15天的消化过程，因此前期疆内新棉将以“入库、观望、移库”为主。考虑到“快入库、快公检、快运输、快销售”的希望不大，因此棉花出疆并不赶时间，铁路成为棉花出疆的重要选择。其三、近日发改委、财政部等联合发文“不入库、未公检的棉花不允许申报2016/17年度出疆补贴”，疆内一些试图“抢开秤、快加工，快出售”的轧花厂陷入尴尬。河南、四川、贵州、湖北等地絮棉、民用棉企业大多要求从疆内棉花监管仓库提货。而且由于国储棉轮出时间延长，地产棉也大量上市，客户并不急于补充库存，也倾向于采用铁路出疆。